Lo que hoy se conoce como la Universidad de Montemorelos tiene su origen en el establecimiento en 1942 de la Escuela Industrial Agropecuaria de México (EIAM) en los terrenos de una finca conocida como "La Carlota" en el municipio de Montemorelos, Nuevo León, México. Aunque la escuela ofrecía principalmente educación primaria y secundaria con enseñanza de técnicas agrícolas, también hacía hincapié en la atención y el cuidado de la salud. Así, el 6 de agosto de 1946 se inició la construcción del Hospital y Sanatorio de Montemorelos con fondos donados por el entonces gobernador constitucional del Estado de Nuevo León, el Honorable Arturo B. De la Garza, quien compró el terreno y lo donó a la Asociación Civil Filantrópica y Educativa (ACFE). El Hospital y Sanatorio Adventista de Glendale, California, donó $72,750.00 dls y la Fundación Kellogg $145,000.00 dls. ACFE se hizo cargo de todos los demás gastos a través de la Iglesia Adventista del Séptimo Día. Las donaciones recogidas de miles de donantes anónimos contribuyeron significativamente a la finalización del proyecto.

El hospital fue inaugurado el 26 de Enero de 1947. Sin embargo, al comenzar sus operaciones, se hizo evidente la necesidad de personal de enfermería bien entrenado. Esta necesidad llevó a los líderes del ACFE, patrocinador del hospital, a establecer una escuela de enfermería que abrió sus puertas el 16 de Febrero de 1948. La escuela de enfermería que estaba afiliada a la Universidad Autónoma de Nuevo León funcionó bajo la supervisión directa del hospital en los primeros veinte años de su existencia. En 1950, la EIAM cambió su nombre por el de Colegio Vocacional y Profesional de Montemorelos (COVOPROM), institución que en 1967 tomó el control del programa de enfermería. En 1973 el Poder Ejecutivo del Estado de Nuevo León, otorgó el reconocimiento oficial de Universidad de Montemorelos (UM) a COVOPROM. Todas las carreras y estudios de nivel medio que se ofrecían se convirtieron en opciones curriculares para la recién creada institución de educación superior. Una de las carreras que nació con la recién creada universidad fue la de medicina. Esta resolución del ejecutivo estatal fue publicada en el Diario Oficial el Sábado 5 de Mayo de 1973. Pasaron dos años hasta 1975, cuando la Escuela de Medicina de la UM recibió su primer grupo de 41 estudiantes de medicina de los cuales 28 se graduaron en la primera clase en Junio de 1979. 

El 5 de Julio de 1978, la Organización Mundial de la Salud añadió la Escuela de Medicina de la UM a la publicación oficial del Directorio Mundial de Escuelas y Facultades de Medicina tras recibir la confirmación del gobierno mexicano de que la escuela estaba plenamente reconocida. Por lo tanto, desde la quinta edición de este Directorio publicado en 1979 hasta la más reciente, la Escuela de Medicina de la UM siempre ha sido incluida. El 14 de Diciembre de 1983, la Asociación Mexicana de Facultades y Escuelas de Medicina (AMFEM) informó de la aceptación sin restricciones de la Escuela de Medicina de la UM como miembro de esa asociación después de haber sido visitada y evaluada. La opinión de la AMFEM fue dada el 9 de Diciembre de 1983 por la Asamblea reunida en la ciudad de Matamoros, Tamaulipas. Como miembro de la AMFEM, la Facultad de Medicina se convirtió automáticamente en miembro de la Federación Panamericana de Asociaciones de Facultades (Escuelas) de Medicina (FEPAFEM) con sede en la ciudad de Caracas, Venezuela.  

A lo largo de sus 45 años de existencia, 10 médicos han dirigido la escuela: Adelio Rocco (73-75), Kepler Hernández (75-82), Ricardo Chávez (82-86), Jochen Hawlitschek (86-90), Alejandro Gil (90-91, 93-97, 2000) Naif Cano (91-93), Francisco López (97-00), Nahúm García (2001-2012), Jorge Luis Salazar Guzmán (2013-2017) y Christian Moisés Aguilar Ríos (2017-presente). 

Hasta ahora, la Escuela de Medicina ha graduado a 1.581 jóvenes provenientes de 51 países, incluyendo: Antigua y Barbuda, Argentina, Armenia, Bahamas, Barbados, Bélgica, Belice, Bolivia, Brasil, Camerún, Canadá, Chile, Colombia, Costa Rica, Cuba, Curazao, Ecuador, El Salvador, Estados Unidos, Filipinas, Francia, Guatemala, Guyana, Haití, Holanda, Honduras, India, Inglaterra, Israel, Jamaica, Japón, Liberia, Martinica, México, Nicaragua, Noruega, Panamá, Paraguay, Perú, Puerto Rico, República Dominicana, Rwanda, Rumania, Sri Lanka, Sudán, Tailandia, Tanzanía, Trinidad y Tabago y Venezuela.